« N’ayez pas peur ! Ouvrez toutes grandes les portes au Christ« , s’écria-t-il à la messe d’inauguration de son ministère pontifical. Jean-Paul II a voulu lancer le peuple chrétien dans une « nouvelle évangélisation », lui-même infatigable pèlerin de cette Bonne Nouvelle, à travers ses nombreux voyages dans le monde. Il s’est employé à mobiliser dans cette entreprise missionnaire anciens et nouveaux mouvements d’Église, intégrant les jeunes par la création d’un rendez-vous annuel : depuis 1985, les Journées mondiales de la jeunesse ont lieu en alternance une année à l’échelle locale, l’autre avec un rassemblement mondial dans des villes différentes, où elles ont attiré des foules croissantes.

Jean-Paul II s’est attaché à mettre pleinement et clairement en oeuvre le concile Vatican II, notamment par le développement de la réflexion collégiale : il a multiplié les synodes d’évêques et sollicité le collège de cardinaux en le réunissant en consistoire sur des questions d’actualité. Le Concile a trouvé son prolongement naturel à ses yeux par la mise en oeuvre du Jubilé de l’an 2000, occasion de mettre notamment en valeur les démarches d’action de grâces mais aussi de réconciliation et de repentance, que lui-même a accomplies à diverses reprises : Rome et Jérusalem (2000) à propos de l’antisémitisme chrétien, Gorée au Sénégal (1992) pour l’esclavage, Athènes (2001) pour les relations avec les orthodoxes, etc.

Jean-Paul II n’a pas fondamentalement changé la vie de l’Église au niveau de son organisation centrale (Curie romaine). En revanche, il a voulu donner une plus grande visibilité à l’Église en réaffirmant la doctrine et en mettant en valeur le ministère d’enseignement de l’évêque de Rome : il a publié le Catéchisme de l’Église catholique en 1992 et rédigé quatorze encycliques. Il a consacré le sujet de la première d’entre elles, Redemptor hominis (1979), à Jésus Christ, puis une au Père et une à l’Esprit. Les autres concernent notamment les questions sociales (Sollicitudo rei socialis en 1987, Centesimus annus en 1991), la morale catholique (Veritatis splendor, 1993 et Evangelium vitae, 1995), les rapports entre foi et raison (Fides et ratio, 1998), ou encore l’Eucharistie (Ecclesia de Eucharistia, 2003).

Jean-Paul II a également tenté d’enrayer le schisme engendré par la décision de Mgr Lefebvre de consacrer en 1988 ses propres évêques : l’excommunication a été prononcée contre ce dernier ; l’accueil a cependant été facilité pour ceux qui avaient été proches de lui, mais voulaient rester en communion avec Rome.

Jean-Paul II a oeuvré pour le dialogue oecuménique : avec les orthodoxes, ce dialogue difficile en raison notamment de la situation politique (Russie) a connu des ouvertures (Grèce, Roumanie). Avec les protestants luthériens, ce dialogue a notamment abouti en 1999 à une déclaration commune sur la doctrine de la justification. Dans son encyclique Ut unum sint , §95 (1995), il a reconnu la nécessité d’une réflexion avec les autres confessions sur la question de la primauté de l’évêque de Rome, qui constitue la principale pierre d’achoppement.

En ce qui concerne les rapports de l’Église avec le judaïsme, il a poursuivi la réconciliation entreprise par ses prédécesseurs. Celle-ci s’est traduite par des gestes forts, comme la visite – une première pour un pape – à la synagogue de Rome (1986), mais aussi par l’établissement de relations diplomatiques avec l’État d’Israël (fin 1993), et par sa visite au mur des Lamentations (2000). Au delà des rencontres d’Assise, ses nombreux voyages lui ont offert l’occasion de développer le dialogue avec les autres religions, comme l’islam, notamment lors d’un rassemblement à Casablanca avec les jeunes (1985), et lors de sa visite – une autre première – à la mosquée de Damas (2001).